La saga della Baroque Works è la seconda saga della serie. Racconta come i pirati di Cappello di paglia aiutino la principessa Nefertari Bibi a raggiungere il regno di Alabasta prima che scoppi una guerra civile. Durante il viaggio un'organizzazione segreta di nome Baroque Works cerca di fermarli in tutti i modi.
I protagonisti reclutano un altro membro, la renna dottore TonyTony Chopper, e fanno la conoscenza del fratello del loro capitano, Portuguese D. Ace. La saga si conclude con un confronto a viso aperto con gli agenti più forti della Baroque Works, guidata da mr. 0 alias Crocodile, uno della Flotta dei sette.
Saghe contenute
- Saga di Lovoon: 2000
- Saga di Whiskey Peak: 2000
- Saga di Little Garden: 2000
- Saga di Drum: 2000-2001
- Saga di Alabasta: 2001-2002