本条目简要介绍原作漫画的剧情，详细剧情参见各篇及各话的内容。
第一部：生存之海 超新星篇[ | ]
东海编[ | ]
- 冒险的黎明篇（1-7话）
- 一伙海贼驻扎在东海的佛夏村，船长红发是蒙其·D·路飞的启蒙者和救命恩人。路飞立志要成为海贼王，香克斯把草帽寄存给他。十年后，17岁的路飞只身出海，途中他解救了克比和他的第一个海贼伙伴罗罗诺亚·索隆，最后帮助克比如愿加入了海军。
- 橘子镇篇（8-21话）
- 西罗布村篇（22-41话）
- 巴拉蒂篇（42-68话）
- 路飞一伙来到海上餐厅巴拉蒂寻找厨师，不料餐厅遭到从伟大航路败逃的克利克的袭击，甚至七武海的鹰眼米霍克也出现了。此时娜美出逃，而索隆向鹰眼挑战失败。但路飞打倒了克利克，并邀请到了巴拉蒂的厨师山治成为第四个伙伴，前去找回娜美。
- 阿龙公园篇（69-95话）
- 罗格镇篇（96－100话）
- 位于伟大航路入口附近的罗格镇是海贼王罗杰的故乡和后来被公开处刑的所在。在罗格镇，小丑巴基抓住路飞意欲将其斩首，千钧一发之际闪电劈倒了处刑台。在此驻守的海军上校白猎人斯摩格追击路飞，却被悄然出现的革命家蒙奇·D·多拉格挡下。草帽一伙五人以各自的梦想立誓，跨越颠倒山冲进伟大航道，传说就此开始了……
阿拉巴斯坦编[ | ]
- 颠倒山篇（漫画：101－105）
- 草帽海贼团一行人来到伟大航道 双子岬，在那里遇到一只等待留下它去了伟大航道的伙伴50年的‘岛屿鲸’拉布，还有一位是曾在‘海贼王’罗杰船上当过三年船医的可乐克斯（不过当时一行人并不知道可乐克斯曾在海贼王船上待过，现在的可乐克斯是双子岬灯塔看守员），还遇见神秘的二人组‘Mr.9’和‘Miss星期三’想取得拉布的肉当粮食，所幸及时被路飞阻止，本想逃跑的两人却不慎遗失了纪录指针而无法回到他们的基地，之后两人便请求刚得到新纪录指针的草帽海贼团搭船载他们回去。
- 威士忌山峰篇（漫画：106－114话／动画：64－67话）
- 在‘Mr.9’和‘Miss星期三’的带领下，草帽一行人来到威士忌山峰，在那里市民举行派对欢迎他们的到来。后来得悉威士忌山峰是秘密犯罪组织·巴洛克华克的地盘，在‘Mr.5’和‘Miss情人节’的追捕下发现‘Miss星期三’和‘Mr.8’的真实身份其实是阿拉巴斯坦王国公主 娜菲鲁塔利·薇薇和阿拉巴斯坦护卫队队长 伊卡莱姆，从公主口中得知阿拉巴斯坦正处于水深火热之中，以及王下七武海‘Mr.0’沙·克洛克达尔的阴谋后，因此决定帮助这位公主（起初看在10亿贝里的份上，只是答应护送）后伊卡莱姆变装成薇薇的样子并带着前往阿拉巴斯坦的永久指针，设法假冒草帽海贼团直接回国，让一行人平安离开威士忌山峰，却仍被巴洛克华克派来的‘Miss all Sunday’妮可·罗宾给识破，但Miss all Sunday没有接到任何要杀死薇薇的指令，并只将前往阿拉巴斯坦的永久指针交给草帽海贼团后就离开了，而鲁夫因不信任Miss all Sunday而将永久指针破坏，并依循原持有的记录指针往小花园前进。
- 小花园篇（漫画：115－129话／动画：70－77话）
- 鲁夫一行人来到小花园，那里是一个仍然保存着史前时代景观的巨大岛屿。这座岛除了恐龙以外，还住着决斗超过100年的两位巨人‘青鬼’东利和‘赤鬼’布洛基。众人更在此遇上了巴洛克华克的高级特务 ‘Mr.3’和‘Miss黄金周’。‘Mr.5’和‘Miss情人节’也为了追杀草帽等人从威士忌山峰来到小花园与‘Mr.3’搭档会合，最后被草帽一伙全数击败。
- 而什么事都不知道的香吉士在狩猎比赛后发现大家都没回到船上，在找人的途中他来到Mr.3的蜡烛小屋，透过Mr.3的电话虫意外与‘Mr.0’通电话，顺便打败了巴洛克华克底下的“不吉利二人组”，并且从他们身上取得前往阿拉巴斯坦的永久指针。一行人会合后两位巨人并以最强的绝招“霸国”在食岛怪身上开了个大洞，护送他们离开。
- 磁鼓王国篇（漫画：130－154话／动画：78－91话／剧场版9）
- 由于娜美得到一种不知名的病（其实是被在小花园的蚊虫叮咬），使得全员必须前往有医生的岛屿寻找医生，但在此时，他们又从三天前的报导中得知阿拉巴斯坦的内乱越来越严重，身为一国公主的薇薇担忧著国内一百万名国民的性命，因此希望在治好娜美的病后让船以最快的速度航向阿拉巴斯坦。
- 一行人来到了有“医疗大国”之称的磁鼓岛，不巧的是磁鼓岛因为先前统治者的关系，使得岛上只剩下一个医生，那就是住在山上城堡里的‘魔女’Dr.古蕾娃，鲁夫和香吉士背着重病的娜美为此踏上征山之途，途中受到一大群“食肉兔”和“雪崩”的影响，香吉士为了掩护路飞而受重伤，路飞带着两人徒手爬上Dr.古蕾娃所在的磁鼓山，但由于穿着单薄导致严重冻伤晕倒，三人一起接受了Dr.古蕾娃的治疗，并在此遇见了她的助手，一只蓝鼻子的驯鹿多尼多尼·乔巴，路飞想拉拢乔巴成为自己的伙伴，但乔巴因为过去的心灵创伤而不愿与人类接触，与此同时，前统治者 海贼团船长‘白铁’瓦波尔刚好回到磁鼓岛来抢回他的国家。
- 在经历与瓦波尔的战斗后，乔巴决定和鲁夫等人出海，乔巴以船医身份加入草帽海贼团。
- 阿拉巴斯坦篇（漫画：155－216话／动画：92－130话／剧场版8）
- 一行人和公主薇薇来到了阿拉巴斯坦，原先打算至叛乱军基地犹巴直接劝阻叛乱军首领 寇沙，抵达时却发现叛乱军已经离开。在路飞的决定下，前往克洛克达尔的所在地雨地，得知其夺取国家的计划理想国后，便赶回首都阿尔巴那。在他们抵达阿尔巴那时，内战已经开始了，一行人为了使薇薇到达皇宫与巴洛克华克展开激战。
- 路飞先后被克洛克达尔打败了两次，最后于遗迹里成功打败他，其他成员亦击败巴洛克华克的一众高级特务。而最后的一场雨使得薇薇得以向大家说明‘Mr.0’克洛克达尔的阴谋，内战亦随之结束。
- 其后薇薇和跑得快向鲁夫等人道别，就算脱离了海贼团但仍是伙伴之一。原·巴洛克华克副社长妮可·罗宾，在解了鲁夫的毒后，因失去人生目标想寻死却被路飞所救，无处可去而被路飞收留，以考古学家的身份加入了草帽海贼团。
空岛编[ | ]
- 加雅岛篇（漫画：217－236话／动画：144－152话）
- 离开阿拉巴斯坦王国后，想要前往下一个岛的草帽一伙意外发现一艘从天而降的大船。同时纪录指针竟然向上指向天空。路飞在大船上找到一张“空岛”的地图，先前没有预料到会有如此状况的一伙人来到了加亚岛，路飞、索隆、娜美三人前往岛西“魔谷镇”镇上的酒吧，想要打听有关“空岛”的线索，但遭到“鬣狗”贝拉密及其海贼团一伙人嘲弄。贝拉密等人对路飞拳打脚踢，甚至讥笑所谓的“空岛”只不过是白日梦而已，但路飞对索隆说“这场架打不得”，以毫不还手诠释了他对梦想的坚信不疑。
- 在酒吧外的“黑胡子”马歇尔·D·汀奇后来跟娜美解释：“这场胜负是你的伙伴赢了”，接着透过罗宾从魔谷镇得来的情报得知，加亚岛有个被居民逐出魔谷镇的老人库力凯，他似乎知道到达空岛的方法。
- 从岛西的城镇离开后，他们来到加亚岛东部的海岬，遇到了四百年前被称为骗子的蒙布朗·诺兰德的子孙－猿山联合军船长 蒙布朗·库力凯，得知了上升海流下次的爆发地点在加亚岛南方后，全员前往森林想要捕捉一只名叫指南鸟的生物帮忙指引方向，回来后却发现库力凯的黄金遭到先前发生冲突的贝拉密强夺。离出航时间只剩三小时，路飞还是冒着可能赶不上上升海流的风险，一个人跑到魔谷镇，一拳击倒了贝拉密并且抢回黄金。
- 之后一行人前往上升海流的预定爆发地点，出发前往空岛。路飞一行人离开魔谷镇后，“王下七武海”之一的唐吉诃德·多佛朗明哥现身，操控贝拉密一伙人当中的“大匕首”萨奇斯，将身为手下却失职而玷污了自己名誉的贝拉密杀死。
- 空岛篇（漫画：237－302话／动画：153－195话）
- 乘着上升海流，一行人来到了海拔一万米高空的“白海”。他们发现空岛并不只是原本他们想像的黄金乡而已。大伙原本冀望能够在空岛享受不用担心海军的愉快时光，却莫名其妙被冠上了“非法入国”的罪名，被迫接受“神之岛”阿帕亚多上四神官们的“试炼”考验。
- 在试炼的过程当中，众人根据分头探索的经验得出了结论：四百年前，诺兰德口中的黄金乡并不是沉没到海底，而是因为上升海流的关系使原本的加亚岛一分为二，一半到了这“白白海”上── 也就是说，这神之岛就是原本的加亚，而那只有一半的房屋更是支持这个推论的铁证。前任的神“天空骑士”甘·福尔则是因为从一伙人得知了阿帕亚多的来由，明白了岛上天使们和香狄亚人四百年的战乱的来龙去脉。另一方面，拥有自然系“轰雷果实”能力的“神”艾涅尔，在神之岛设计了一场81人的生存淘汰赛，并且预言能存活下来的只有5个人。
- 草帽一伙在黄金前夜祭后，决定分成2组行动：由娜美、骗人布、香吉士三人驾驶黄金梅利号找寻可以离开空岛的的出口；鲁夫、罗宾、索隆、乔巴四人则组成“黄金探险队”在找到黄金后和其他人会合，但却因为被突然出现的大蛇攻击而分散，开始了各自的冒险和战斗。
- 经历与其余74名参赛者的激战，三小时后，罗宾、索隆、娜美、福奇，以及香狄亚战士瓦夷帕等五位参赛者出现在艾涅尔面前，艾涅尔为了让自己的预言准确，亲手剔除了第六名参赛者甘·福尔，同时也娓娓道出自己的目的。其实他真正的计划是打造一艘大型飞船方舟“箴言”，并带着来自古早香狄亚人打造的巨大黄金钟楼前往“无限大地”，同时将空岛打回青海，参赛者们得知后纷纷站出来反抗艾涅尔，却都败在那无敌的雷能力之下。唯一幸存的娜美为了保命，假借自愿跟随艾涅尔前往“无限大地”，一方面找寻逃生的机会，原以为计划完美无缺的艾涅尔却漏算了被大蛇吞下肚的鲁夫。不久鲁夫逃出大蛇身体，看到被击倒在地的伙伴而气愤不已，当下冲向艾涅尔停靠方舟的地方，由于空岛没有“橡胶”，鲁夫不导电的橡胶体质反成了艾涅尔最棘手的天敌，两人纠缠了好几回，艾涅尔最终仍被击败，是因为鲁夫手上的黄金球击倒艾涅尔。
- 鲁夫敲响了巨大的黄金钟，让天空的住民们听到四百年前的“岛的歌声”重现，终于解开了两族的心结，也终止了长达四百年的战争。同时，因为罗宾解读了历史本文的文字，明白了原本香狄亚人守护历史的任务已经该交给对历史有所认知的自己，香狄亚人的历史包袱也就能够放下。
七水之都编[ | ]
- 长环长岛篇（漫画：303－321话／动画：207－219 、225－228话）
- 结束空岛的冒险后，草帽一伙在海上遇到一艘既没有帆也没有旗帜的海贼船，还因为少了指挥一切的船长和航海士让船员变的没有组织性，整艘船并在一行人面前遭到海猴子引起的巨浪吞噬。
- 草帽一伙来到了长环岛，遇到狡猾的海贼团船长“银狐”弗克西，拥有“迟缓果实”能力的弗克西向鲁夫挑战“Davy Back Fight”比赛，胜利者可以从败方选择得到一名成员或选择标志（被夺走标志后不得再挂上该标志，以及被夺走的同伴、标志等，都必须在由“Davy Back Fight”夺回）。
- 草帽海贼团与弗克西海贼团比了两场，分别为“环形赛船”及“火爆斗球”，在一胜一败的情况下进入第三场也就是最后一场的比赛，第三场是“双方船长一对一决斗”，弗克西的迟缓能力一度让鲁夫居于劣势，最后因为想要守护所有伙伴的心意以及爆炸头的野性力量爆发，让他战胜了弗克西。
- 事情结束后，他们又遇上了海军本部上将“青雉”，而他的目的，就是要歼灭曾经从他手中逃走的罗宾。为了保护罗宾，一行人和这个可怕的强敌战斗，败得一塌糊涂，最后却被放过一马。遭到青雉“冷冷果实”能力攻击导致全身被冰冻的罗宾和鲁夫，则在团员们的合力抢救下捡回一命。
- 七水之都篇（漫画：322－345话／动画：229－241话）
- 草帽一行人在罗宾和鲁夫痊愈后，为了寻找船匠伙伴和修理黄金梅利号而来到以造船出名的水之七岛，但本来与乔巴在镇上逛街的罗宾却突然失踪了。
- 鲁夫、娜美和骗人布前往卡雷拉公司，黄金梅利号在经船匠检查过后，发现支撑船体最重要的“龙骨”已经严重受损，如果维持这样的状态航行，到下一座岛的几率将会是“0”。
- 此时他们所换得的2亿贝里遭卡雷拉公司的死对头－ 解体商佛朗基家族抢走，提着2亿贝里的骗人布，为了夺回2亿贝里也被他们打成重伤。鲁夫、索隆、香吉士、乔巴前往佛朗基之基地报仇，但家族首领佛朗基却已经带着两亿贝里前往黑市。四人痛扁佛朗基的小弟们，并且毁了佛朗基家族。鲁夫以船长的立场决定更换一艘新船，骗人布对这突如其来的决定感到相当震怒，与鲁夫决斗，最后战败然后离开了草帽一伙。
- 隔天，水之七岛传出了令人震惊的消息，该城镇的市长艾斯巴古遭到不明人士袭击而身受重伤，由于艾斯巴古清醒后一口咬定被袭击的当天看到罗宾跟犯人走在一起，因此让草帽海贼团成了水之七都岛民和船匠追杀的对象，佛朗基也因为自己的家被鲁夫破坏、小弟被打伤一事，想找草帽海贼团算账，罗宾则在事发后的第二天出现在要找她的香吉士和乔巴面前，发出了要退出草帽海贼团的宣言，鲁夫等人为了从罗宾口中问出想退出海贼团的原因，决定当晚上潜入艾斯巴古宅邸。
- 草帽一伙进到艾斯巴古的宅邸，发现幕后驱使罗宾的主谋竟是世界政府直属秘密间谍机关“CIPHER POL NO.9”，但因为他们超人般的力量“六式”使众人很快就吞下败仗。CP9逼问艾斯巴古古代兵器“冥王”设计图的去向，并以假设手法得知应该在佛朗基那儿，刚好骗人布也在佛朗基那里，两个人跟着罗宾一起被抓上海上列车“冒烟汤姆”。
- 娜美也从艾斯巴古口中得知了一件惊人的真相，原来罗宾之所以背叛草帽一伙，是为了让他们平安离开水之七岛；打从心里将草帽一伙视为重要伙伴的罗宾，打算牺牲自己的性命以保护伙伴们免于受世界政府“非常召集”攻击。于是，草帽海贼团、佛朗基家族与卡雷拉公司等人决定要去救回牺牲自己的罗宾和被抓走的佛朗基，而和众人暂时分开行动的香吉士则潜入了海上列车，解放了骗人布和佛朗基，与各“CP”进行激烈的争夺战。佛朗基为了让香吉士他们顺利把罗宾带回去而牺牲自己让CP9给抓回去，但罗宾却仍选择了离开众人，和CP9一起到司法之岛“艾尼爱斯大厅”。
- 司法岛篇（漫画：375－430话／动画：263－312话）
- 一行人来到了世界政府辖下的司法之岛“艾尼爱斯大厅”，佛朗基安排让妮可·罗宾与鲁夫见面，但罗宾仍不愿意回到伙伴身边，还告诉鲁夫自己已经不想活了。罗宾揭露出世界政府的阴谋及以往的所作所为，害她家破人亡，甚至被逼的走投无路而想寻死。得知罗宾痛苦的草帽海贼团当着司法岛所有人面前，烧毁了代表世界政府的旗帜（向全世界宣战），此举让罗宾当场放声痛哭，并且大喊出了压抑在心中许久的心愿-“想要活下去”。
- 佛朗基拿出冥王设计图 并当着众人的面前直接烧毁 此行惹怒斯帕达姆而被一脚踢下司法之塔 后来海上列车“火箭人”冲进司法之塔之时成功救回佛朗基，但却没有救回罗宾。
- CP9长官 斯帕达姆将锁住罗宾的“海楼石手铐”钥匙交到五名CP9手中；但当中只有一条是真的，借机拖延鲁夫他们救走罗宾的时间，但斯帕达姆却在押解途中不小心按下了黄金电话虫的按钮 发动了非常召集。一行人为了抢到正确的钥匙而与CP9展开激战，最终击败了所有CP9并成功解放罗宾；其中号称“历史上最强的CP9”罗布·路基也被鲁夫击败，八百年来传颂的CP9不败神话也被破灭了。
- 然而，由于鲁夫二档开的太久，并且用尽全力使出JET橡胶机关枪而无法动弹，而抢来的逃脱船又被炸毁，欲逃出司法之岛的众人被海军战舰重重包围，陷入困境；就在绝望之际，草帽一伙重要的伙伴黄金梅利号适时出现并拯救了所有人，虽然海军战舰集中炮火攻击黄金梅利号，却因香吉士关闭“正义之门”产生的涡流而受困，草帽一伙顺利逃出了艾尼爱斯大厅。
- 水之七岛后篇（漫画：431－441话／动画：313－325话）
- 司法之岛篇结束后，黄金梅利号突然断成两截，前来接送的艾斯巴古告诉鲁夫一行人，这是他为了达成黄金梅利号的心愿而做了临时补强，现在则是该道别的时候。
- 一行人挥泪火葬黄金梅利号后，回到水之七岛。佛朗基表示希望用当初抢来的两亿贝里替鲁夫他们造一艘新船。在等待新船完成的期间，新的报导与悬赏单也随之发布下来，“司法之岛”的轰烈事迹使全船人都遭到悬赏－“草帽”蒙其·D·鲁夫3亿贝里、“海贼猎人”罗罗亚·索隆1亿2千万贝里、“女窃贼”娜美1千6百万贝里、“狙击王”3千万贝里、“黑脚”香吉士7千7百万贝里、“超爱棉花糖”多尼多尼·乔巴50贝里、“恶魔之子”妮可·罗宾8千万贝里；而“铁人”佛朗基亦被悬赏4千4百万贝里。
- 与在此时，鲁夫一行人商讨骗人布事后欲归队的问题；由于骗人布当初的意气用事让鲁夫差点下不了台，因此在索隆的提案下大伙都同意要等骗人布诚心道歉后，才让他重新加入，否则将把他扔在水之七岛。及后，佛朗基帮草帽一伙造好了新船“千阳号”，而他本人亦以船匠身份也正式加入；同时，罗宾亦打开了幼年的心结，成为草帽一伙真正的伙伴。在骗人布诚心道歉后，重新回到草帽海贼团，全员再度整装出发。
- 在此前几天，白胡子海贼团的第二队队长“火拳”波特卡斯·D·艾斯与“黑胡子”马歇尔·D·汀奇在巴纳洛岛上发生了激战，此战胜负成了日后某件“大事件”的导火线。
恐怖三桅帆船编[ | ]
- 恐怖三桅帆船篇（漫画：442－489话／动画：337－381话）
- 草帽海贼团捡到一个祭祀海神的酒桶，打开后里面竟冲出诡异的红色闪光，接着千阳号因暴风雨而航行到魔幻三角地带，在那里遇见吃了黄泉果实的神秘骷髅人布鲁克，就在他们和布鲁克对话时，船渐渐驶向世界最大海贼船“恐怖三桅帆船” ，从以前就想要个音乐家的鲁夫邀请布鲁克成为同伴，但由于失去“影子”的布鲁克不能照射到阳光，因此拒绝了鲁夫的入团邀请，并一个人跑到岛上。
- 因为娜美、骗人布和乔巴在岛上迷路，好奇心作祟的鲁夫不顾布鲁克要他们离开此地的劝告，硬是和伙伴们闯进去探险，然而居住在恐怖三桅帆船里的竟然是王下七武海 月光·摩利亚。
- 摩利亚为影子果实能力者，并且抢走敌人的影子建立僵尸军团，草帽海贼团成员陆续被他抓住并且剥走了影子，落单的罗宾和佛朗基在即将被僵尸军团抓住之际得到布鲁克的帮助，经被僵尸称为“剑侠鼻呗”的布鲁克的解说，从而得知恐怖三桅帆船的秘密与僵尸的弱点，两人带着布鲁克给他们的“盐”成功救出骗人布和乔巴，并且回到千阳号上唤醒了被夺走影子的鲁夫等人，但娜美还被困在岛上，得知布鲁克和在双子岬遇到的“岛屿鲸”拉布有一段约定，鲁夫一行人为了抢回食物、娜美和大家的影子再次闯入摩利亚的宅邸。
- 鲁夫想只身去找摩利亚要回影子，其他人则与服侍摩利亚的三怪人和僵尸大军展开了艰辛的战斗。最后，他们面对的最强敌人，是装有鲁夫影子的特别僵尸“魔人”欧斯，欧斯拥有与鲁夫同等的破坏力，却也因鲁夫的白痴性格而数度被草帽一伙耍得团团转。
- 后来，摩利亚在甩掉鲁夫后加入战局，使欧斯成为“力量”加“头脑”的凶恶怪物，草帽一伙面临全军覆没的危机，所幸身上塞了一百人份影子的“噩梦·鲁夫”及时出现，加上同伴们的齐心合力，最终仍将摩利亚和欧斯逼到绝境打败了他们。
- 然而，事情并未就此结束，王下七武海“暴君”巴索罗缪·大熊听从世界政府的指令，要抹杀所有目睹摩利亚被击败的人；面对大熊强大的力量，加上体力耗尽，全部人均无能为力并处于劣势，几乎被冲击晕倒，仅剩下索隆尚能勉强战斗。
- 为了捍卫鲁夫的梦想，索隆愿意牺牲自己的生命以换取鲁夫头颅，面对如此友情，熊也只得网开一面，只将鲁夫所有的痛苦和疲劳转到索隆身上便放过他们一马。
- 事情结束后，布鲁克为了完成和拉布的约定，以音乐家身份加入草帽一伙。
顶上战争编[ | ]
- 夏波帝诸岛篇 （动画：384－405话）
- 离开“魔幻三角地带”后，已经航行伟大航道半圈的草帽海贼团终于看到了“红土大陆”，大伙对一直以来的辛苦航行而获得的代价感到相当欣慰。
- 为了寻找到鱼人岛的线索，他们利用“鲨鱼潜水3号”潜入海底探索却无功而返，此时一只直追鲨鱼潜水3号的海兔跳出海面攻击草帽海贼团，鲁夫打倒海兔之后，意外遇见从海兔嘴里掉出来的人鱼海咪和海星帕帕克。
- 两人拜托草帽海贼团从绑架集团“飞鱼骑士”以及马可罗海贼团手中救出在章鱼烧店工作时很照顾她的老板 八仔，一行人来到飞鱼骑士团的大本营后意外发现海咪口中的八仔是原·恶龙海贼团干部‘六刀流’小八，而“飞鱼骑士”首领‘铁面具’迪巴鲁似乎和草帽海贼团有着深仇大恨。
- 在与飞鱼骑士团的战斗中，鲁夫一脚踢开了迪巴鲁的铁面具，没想到他竟然因为和香吉士悬赏单上的脸长得几乎一模一样，才会因此遭到海军的追杀，最后在香吉士“整形踢”下将迪巴鲁整形成一个帅哥，飞鱼骑士团就此和鲁夫一行人化敌为友。
- 得知鱼人岛位在海底 10000米深处，为了让千阳号能在海底航行，需要在船表面上膜，草帽海贼团、海咪、小八、帕帕克一行人来到香波地诸岛，目睹了世界贵族“天龙人”滥用权力的恶行，以及岛上奴隶制度盛行的丑恶行为。
- 接着他们来到小八的老友 夏姬开的风情酒吧要拜访上膜工人，但上膜工人已经半年没回家了，夏姬并提供几个他常去的地方给鲁夫等人作参考，并透露鲁夫和索隆已经被列为海贼界超新星十一人，另外九位赏金破亿的通缉犯同时也登陆了这座岛。
- 在寻找上膜工人的途中，海咪被绑架集团“猎狗宠物团”绑走了，草帽海贼团召集飞鱼骑士团将他们载到“人类拍卖会场”，后来在会场上小八被天龙人开枪射击，鲁夫愤而打伤天龙人，导致天龙人事件发生，一行人得到上膜工人“老雷”的帮助而顺利离开人类拍卖会场。
- 回到夏姬的酒吧后，一行人才得知原来“老雷”是罗杰海贼团副船长‘冥王’席尔巴兹·雷利，为感谢鲁夫等人帮助小八，雷利答应替千阳号免费上膜，并给他们每人一张“生命纸”，接下来给船上膜的三天时间全员得在岛上躲避海军。
- 而受天龙人事件影响，海军本部上将“黄猿”来到香波地诸岛，所幸‘冥王’雷利来此帮助，但也引发混战，后来全团船员更被突然出现的‘暴君’熊的能力传送到别的地方去。而在同时，海军本部也正在召集所有王下七武海，准备要和白胡子海贼团战斗。
- 女人岛篇（漫画：514－523话／动画：408－421话）
- 鲁夫被大熊传送到女儿岛 亚马逊·百合，鲁夫食物中毒，并为雏菊及同伴所救。但因他不知女人岛上不准男人靠近的规定，且“劫持”了雏菊而遭到追杀，而后更在那遇上了自称因为“诅咒”而拥有“石化”能力的女性王下七武海‘海贼女帝’波雅·汉考克，面对这个狠心把自己人石化的美艳暴君、目击此事却无动于衷的女人国子民、以及两位同样自称受诅咒其实是吃了恶魔果实的女王之妹，鲁夫展开了在女儿岛的战斗，后化解了与女儿岛居民的冲突和女帝的心结后，鲁夫无意中从纽婆婆那得知艾斯的困境，决定去深海监狱“推进城”拯救即将被处死的‘火拳’艾斯。而此时汉考克因暗恋上鲁夫，所以决定利用七武海身份暗中帮助他。
- 另外，本篇也短暂说明了在鲁夫来到女儿岛的同时草帽海贼团其他同伴的去向。
- 推进城篇 （漫画：524－549话／动画：422－425、430－452）
- 为了营救艾斯，鲁夫藏在汉考克的衣服里，登上海军军舰，透过海军专用海流"盆子海流"到达深海大监狱“推进城”。在汉考克的帮助下，鲁夫潜入海底监狱，却在地下一楼遇到正在逃狱的“小丑”巴其。在前往“Lv.5”的途中，遇到了‘Mr.3’和‘Mr.2’。由于巴其与‘Mr.3’急着想逃狱，‘Mr.2’和鲁夫一同往“LV5”前进。
- 另一方面，“监狱最强的男人”推进城署长 麦哲伦召集全部战力于“LV4 焦热地狱”迎战鲁夫。巴其和‘Mr.3’遇见麦哲伦后也落荒而逃。鲁夫与麦哲伦决斗，战败并被押送入“LV5 极寒地狱”，再濒死之际被‘Mr.2’救出 并接受Lv.5.5新人类乐园‘人妖王’艾波利欧˙伊娃柯夫拯救。
- 伊娃柯夫得知鲁夫为革命军首领多拉格的儿子后 决定与‘雷电’等人帮助鲁夫到“Lv.6”去救艾斯。鲁夫等人到“Lv.6”后，发现艾斯已被移送到海军本部 鲁夫也决定去一趟 并在“LV6 无限地狱”释放了王下七武海‘海侠’吉贝尔及‘Mr.0’沙˙克洛克达尔，他们加入了战线。沿途又将‘Mr.1’等囚犯释放，巴其和‘Mr.3’也在“Lv.2”释放241名囚犯而构成了巨大的战力。
- 在途中，又遇到了背叛世界政府的“黑胡子海贼团”，在一阵骚动后，黑胡子也被麦哲伦击败，但推进城狱卒长“雨”之矢龙却拯救了他们。鲁夫一行人，回到推进城入口后，克洛克达尔、吉贝尔、巴其和‘Mr.1’成功抢下一艘供囚犯们逃亡的军舰；而‘Mr.2’则假扮成麦哲伦开启了“正义之门”，并自愿留下让鲁夫带领241个囚犯顺利离开推进城，此时艾斯已由5艘战舰与5名中将的阵容押送到海军本部“马林梵多”处刑。
- 顶上战争篇（漫画：550－580／动画：459－489）
- 距离艾斯被处刑时间只剩不到3个小时，处刑地点海军本部“马林梵多”召集了各支部有名且实力不俗的海军，召得总数十万人，前锋由五位“王下七武海”及“海军本部三大将”分别把守，战国元帅于处刑前对所有人公布艾斯是‘海贼王’哥尔·D·罗杰的儿子。
- 四皇‘白胡子’艾德华·纽盖特率领新世界四十七艘海贼舰队入侵“马林梵多”，准备迎救艾斯。于是白胡子海贼团加上四十三个新世界海贼团便与海军本部加上王下七武海开战，随着海贼团船长 小奥兹·Jr拼死开出一条血路，白胡子海贼团瞬即攻入内湾，为此海军本部打算对艾斯提早行刑，此时鲁夫与推进城内241名犯人即时赶到，并与白胡子联手拯救艾斯。
- 经过一番激战后，鲁夫成功救出艾斯，艾斯正式参战，与鲁夫联手对抗海兵，而白胡子决定用尽自己最后的力量，掩护所有旗下海贼撤退。独自一人在一个只剩半边的岛对海军众人，其他被下达撤退命令的海贼都在另一半边的岛上。白胡子海贼团正要逃亡之际海军本部上将“赤犬”出现并出言挑衅艾斯。艾斯愤而攻击赤犬却反被赤犬的岩浆给烧伤。最后赤犬一拳袭向鲁夫，艾斯挺身挡住攻击惨遭赤犬贯穿身体。
- 艾斯靠在鲁夫身上，白胡子旗下的船医前去抢救艾斯，但艾斯拒绝了治疗，并出口感谢鲁夫和前来营救他的所有人，随后在鲁夫怀里含笑而逝。鲁夫受到艾斯逝世的影响而精神崩溃，此时黑胡子带着推进城四名传说中的囚犯突然出现于海军本部。白胡子见到黑胡子后，便毫不留情的向他攻击，但最后在黑胡子海贼团的全体攻击下，白胡子以站着的姿态死亡，黑胡子趁势向前利用果实能力夺取白胡子的震震果实能力，而成为能够使用两种果实能力的能力者，同时黑胡子向世人宣布他将取代白胡子成为这个世界的霸主。
- 于是战国亲自和黑胡子交战，而此时为了保护鲁夫的吉贝尔被赤犬重创，危急之际，被巴其和克洛克达尔解救，此时‘死亡外科医生’托拉法尔加·罗搭乘潜水艇出现，前来救援鲁夫。而后在四皇‘红发’杰克的出面调解下，战国元帅决定收兵，这场自大海贼时代开始以来最大的战役---“马林梵多的顶尖对决”就此闭幕。
- 战后篇（漫画：581－597／动画：490－516）
- 随着‘海军本部’与‘白胡子’之间战争的结束，新时代动荡的序幕悄然地被掀开，经过‘白胡子’临终前，再度说出独一无二的大秘宝“One Piece”确实存在于这个世界上后，继22年前哥尔‧D‧罗杰临刑前的一句话，再度的揭开另一波大海贼时代。
- 而在‘白胡子’逝去后，新世界‘四皇’剩下的‘红发’杰克、海道、BIG MAM将面对之前三大势力互相制衡被打破的新局面，‘黑胡子’亦为这一个新局面的催生者，而‘白胡子’旧有占据的领地，陆续的遭到其他海贼的侵吞。
- 同一时间，‘死亡外科医生’罗帮助鲁夫及甚平动完急救手术，让他们暂时保住性命，而后汉考克带鲁夫回女儿岛养伤，伊娃等人则回了人妖国“卡玛帕卡”。
- 马林福特方面，战国收到“推进城”被彻底捣毁的消息－－麦哲伦遭到黑胡子一伙人的袭击而身受重伤，‘黑胡子’在Level6 举行厮杀大赛，并将最后活着最强的4名囚犯带走，而其余的囚犯几乎都消失不见。
- 然而战国欲下达通缉令时，却受到‘世界政府’的压力，得封锁 Level6 囚犯越狱的消息，战国因而气愤不已。同时间在同一地点，在马林福特后街，月光‧摩利亚遭遇到多弗朗明哥的刺杀而身受重伤，这时多弗朗明哥说出比战国更高层的人士下达命令，认为摩利亚已经没有足够的能力继续背负“王下七武海”的称号，要将其从七武海中抹杀掉。
- 此外，克洛克达尔要带自己的同伴前往新世界；巴其则和自己原来的同伴重逢，但却在此时收到政府的信件（从Mr.3表情中，似乎是一件令人惊讶的讯息）。超新星们也都进入了新世界，开始了新的冒险。
- 而鲁夫的同伴亦陆续得知鲁夫的消息，一开始皆想用各种方式回到当初约好的集合点－夏波帝诸岛。但鲁夫因为雷利的提案返回海军本部敲响“奥克斯大钟”吊唁已故的白胡子和艾斯，一伙人在报纸上看到鲁夫身上的纹身“3D(X)2Y”（传达只有伙伴才知道的特殊讯息），得知等待上膜完成的三天之约改为两年之约，也为了鲁夫，增强自己的实力，便各自修练决定2年后重聚夏波帝诸岛。《ONE PIECE》第一部在此正式结束。
第二部：最后之海 新世界篇[ | ]
鱼人岛编[ | ]
回到夏波帝篇[ | ]
- 漫画：598－602／动画：517-522
2年后的鲁夫，在汉考克的送行下，准备回到夏波帝群岛。鲁夫的伙伴也陆续回到夏波帝群岛，但由于两年来与外界完全失联，夏波帝群岛开始出现了一群无赖冒充草帽一伙人在岛上作威作福，还正大剌剌的在招募伙伴，此举引来了海军的关注并出动兵力到夏波帝诸岛。
在海军揭穿仿草帽一伙人后，便出兵前往42GR却被草帽一伙在2年前所待的岛上的人拦截，使得海军没抓到草帽一伙，此时镀膜船也准备好了，草帽海贼团正式出发前往鱼人岛。
鱼人岛篇[ | ]
- 漫画：603-653／动画：523-574
鲁夫等人正式潜入深海，发现到夏波帝群岛的下面全是巨大的树干。佛朗基告诉鲁夫他们，原来巴索罗缪·大熊是革命军的干部，并一直帮助他们的人，在佛朗基到船之时发现原来大熊一直都在守护着千阳号，雷利还说，巴索罗缪·大熊在战争被后，能保护住千阳号，当作被世界政府改造的条件，佛朗基还特地声明，巴索罗缪·大熊是他们的“大恩人”。随后他们闯入鱼人岛。一行人本来想去逛逛，却卷入新鱼人海贼团的冲突。最后草帽一伙战胜了新鱼人海贼团，并离开鱼人岛。
海贼同盟篇[ | ]
庞克哈萨特篇[ | ]
- 漫画：654－699／动画：579－625
草帽一伙来到新世界后，随着呼救声来到了庞克哈萨特。他们在当地碰上了已成七武海的托拉法尔加·罗和海军支部G-5中将斯摩格，并和以多佛朗明哥为首的凯萨等人对峙。同时，罗以扳倒四皇为条件，要求与鲁夫缔结海贼同盟。鲁夫同意后，与罗一同打倒了凯萨，并决定向多佛朗明哥宣战。
多雷斯罗萨篇[ | ]
- 漫画：700－801／动画：629－746
决定与多佛朗明哥宣战后，草帽一伙来到多佛朗明哥的根据地多雷斯罗萨。鲁夫为了夺取烧烧果实，决定在当地竞技场决斗、接着听到了多雷斯罗萨背后的故事、最后与罗一同发现自己中了多佛朗明哥的奸计。草帽一伙决定分队行动，并与竞技场的同志，击垮了多佛朗明哥苦心经营的帝国。最后竞技场的同志们，决定成立草帽大船团。
蛋糕岛编[ | ]
佐乌篇[ | ]
- 漫画：802—824／动画：751-779
成立草帽大船团后，鲁夫等人来到佐乌岛，受到岛民的热情欢迎。然而香吉士在登岛时收到父亲家宾什莫克一家与BIG MOM海贼团强逼的联姻，只好去蛋糕岛一趟。鲁夫等人听完，决定组队拯救香吉士。同时他们也发现佐乌岛与一个大密宝的关联。
蛋糕岛篇[ | ]
- 漫画：825—902／动画：783-877
鲁夫等人踏上圆蛋糕岛，试图营救香吉士与他的家人。同时他们也与卡波涅·培基接触，并从中得知他想暗杀BIG MOM的计划。最后鲁夫等人虽然成功救出香吉士与他的家人，但暗杀BIG MOM的计划却失败了，让鲁夫等人差点灭团。最后鲁夫在险胜夏洛特·卡塔克利的情况下，仓皇逃出圆蛋糕岛。
世界会议篇[ | ]
- 漫画：903—908／动画：878-891
在蛋糕岛事件后，鲁夫的悬赏金上升到15亿贝里。同时各方人马也因为四年一度的世界会议，而聚集到马力乔亚。
和之国编[ | ]
和之国篇[ | ]
- 漫画：909-1057／动画：892-1085
忍者海贼纯毛武士联盟开始在和之国招兵买马，准备把和之国从黑炭大蛇和其盟友——四皇海道的统治中解放。与此同时BIG MOM海贼团也因为之前的蛋糕岛事件而来到了和之国。
前传：第0卷 强者世界[ | ]
大海贼时代开始的约3年前，金狮子西奇要求哥尔·D·罗杰协助自己共同支配世界，但遭拒绝。双方的战斗以罗杰海贼团趁天气获救，而西奇大伤告终。罗杰成为海贼王的一年后，西奇听说他被捕，愤而独闯海军本部与战国和卡普大战，最终战败被投入推进城。
罗杰被处死，风起云涌的大海贼时代到来了，日后纵横大海的各路豪强开始了自己的征程。2年后，西奇自断双脚，逃出了推进城。他回到新世界与白胡子会晤，宣称自己将会消失一段时间……
外传：第千卷 Z的野心[ | ]
扉页故事[ | ]
- 巴其海贼团冒险记
- 克比和贝鲁梅伯的奋斗日记
- 杰克斯的舞蹈天国
- 小八的海底散步
- 瓦波尔的杂食万岁
- 艾斯的黑胡子大搜查线
- 涅盘一不留神的蓝海生活
- Miss黄金周的作战名“寻找巴洛克”
- 那个人现在
- 艾涅尔的宇宙大作战
- 那个人现在
- CP9的任务外报告
- 如果要去旅行…草帽一伙各自的冒险
- 来自全世界的甲板
- 卡里布的新世界嘿嘻嘻嘻嘻
- 吉贝尔的海侠孤流
- 全世界的甲板 5亿男篇
- 蜂拥而至的草帽大船团故事
- “匪帮”培基的噢我的家人
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